Второй год подряд "Жальгирис" начинает сезон со значительными изменениями в составе, почти полностью обновив его в межсезонье. К двум игрокам предыдущего состава - Донатасу Сланине и Томасу Масюлису добавились 9 новых, а помощник тренера Альгирдас Бразис после отставки главного тренера Йонаса Казлаускаса занял его место.
В длинном списке новых игроков болельщикам NEBL хорошо знакомо одно - центровой Григорий Хижняк из Киева был одним из ключевых игроков прошлого сезона. В поиске молодых талантов "Жальгирис" обратил внимание на новое поколение литовцев, и клуб подписал контракты с Кестутисом Марчюленисом и Андриусом Юркунасом, имевшими опыт выступлений за американские университетские команды.
К началу сезона в "Жальгирисе" также появился 29-летний американец Стив Вудберри.

В 1944г. лучшие баскетболисты Каунаса объединились в одну команду, которая получила название "Жальгирис". С самого начала клуб стал занимать призовые места в чемпионатах СССР. До 1990г. команда завоевала 5 золотых медалей (1947, 1951, 1985-1987гг.), 7 раз становилась серебряным медалистом (1949, 1952, 1980, 1983-84гг.) и 6 раз бронзовым (1953-1956, 1973, 1978гг. ).
В 1981 году "Жальгирис" впервые участвовал в "Кубке победителей кубков" и дошел до четвертьфиналов.
Следующая попытка войти в элиту европейского баскетбола оказалась более успешной. В 1986 г. "Жальгирис", соревнуясь с лучшими командами Европы, проиграл в финале "Цибоне", но выиграл у этой же команды в розыгрыше Межконтинентального Кубка. Эта победа принесла "Жальгирису" мировую известность.
Лидеры клуба заняли ведущие места в сборной СССР, завоевавшей серебряные медали Чемпионата мира в 1986г. и золотые на Олимпийских играх в Сеуле в 1988г.
После 1989г., когда команда достигла полуфиналов европейского Кубка обладателей кубков, самые яркие звезды (А.Сабонис, В.Хомичюс, Г.Крапикас и др.) уехали играть за европейские клубы.
В 1990г. после провозглашения независимости Литвы "Жальгирис" перестал участвовать в чемпионатах СССР, но продолжал соревноваться с командами из России, Украины и Эстонии, и в 1992 г. завоевал Кубок Профессионального баскетбола.
С 1993г. по 1999г. клуб 6 раз подряд побеждал в чемпионатах Литвы. "Жальгирис" не только стал лидером в своей стране, но и занял достойное место в Европе. Золотыми буквами в историю литовского баскетбола записана победа команды в Еврокубке в 1998 г.
Сезон 1998-1999гг. ознаменовался тройной победой "Жальгириса". Команда с отличным результатом 12:0 выиграла Промоушн Кубок 1999 NEBL, затем стала победителем в Финале Четырех Евролиги в Мюнхене и осталась непобежденной в чемпионате Литвы (25:0 включая плей-офф).